O filme se passa após os eventos da Saga de Hades, conta a história de Ártemis, deusa da lua e Apolo, deus do sol, que tomam o santuário de Atena, já que a mesma fez guerra contra Poseidon e Hades, construindo a ira dos Deuses do Olimpo. O objetivo principal dos Deuses é eliminar a humanidade, pois eles temem o que a humanidade continua a desenvolver e evoluir, aquilo que eles já perderam a muitos anos.
Durante o filme alguns fatos são explicados, como o irmão de Marin ser Touma (Ícaro) e não Seiya.