Após a batalha contra Hades, Seiya foi atingido no peito pela espada do imperador do mundo dos mortos e perdeu seus cinco sentidos. Ele está sentado numa cadeira de rodas numa casa de campo (que parece ser a mesma do filme do Abel) quando surgem os três cavaleiros celestiais (anjos) enviados por Artemis. Eles receberam ordens para matar Seiya por ele ter ousado lutar contra vários deuses no passado.

    Os três cavaleiros celestiais são Tohma de Ícaro, Teseu e Odisseu. Eles atacam Seiya com estacas de madeira, mas nenhuma delas atinge o cavaleiro de Pégaso mortalmente. Tohma sente a presença de alguém próximo a eles e lança uma estaca na direção dessa pessoa. Essa pessoa é Atena (Saori) e a lança atirada por Tohma não consegue atingi-la. Atena caminha na direção de Seiya e com seu cosmo vai retirando todas as estacas que o atingiram.Os Anjos dizem a Saori que foram enviados por sua irmã mais velha para matarem Seiya, por causa de sua ousadia de ter desafiado os deuses.

    Neste momento o céu escurece, surgindo majestosamente a lua. Saori percebe que aquele fenômeno só poderia ocorrer com a presença de um deus.Artemis surge diante de Saori e afirma que ela não é mais uma deusa, pois foi corrompida pelos humanos e, neste momento, a Terra deveria ser entregue para ela (Artemis). Saori aceita a proposta de Artemis e entrega a ela seu báculo assim como o controle sobre a Terra e o Santuário, desde que, em troca, Artemis poupasse a vida de Seiya e dos outros cavaleiros de bronze. Saori se dirige para o Santuário onde irá derramar seu sangue, afim de retardar a destruição da humanidade.

    Seiya começa a ter lembranças de sua batalha contra Hades e desperta. Ele percebe que o cosmo de Saori desapareceu e se levanta da cadeira de rodas. Neste momento os Cavaleiros de Ouro aparecem. Podemos notar a presença de Mu, Aldebaram, Shaka, Milo, Saga, Camus, Shura, Dohko, Aiolia, Máscara da Morte, Afrodite e Shion. Aiolos não aparecem. Eles são avisados por três deuses, dois homens e uma mulher (pelas vozes, notamos que não são Artemis e Apolo) que suas almas serão seladas para sempre e eles
não poderão descansar em paz. Shion e Dohko afirmam que mesmo recebendo o castigo divino por terem lutado ao lado de Atena contra vários deuses, eles continuarão do lado dela.

    Marin chega no local onde Seiya está. Ela percebe a presença de um sino no chão e desconfia quem seria seu dono, pois ela tem um igual. Seiya, aconselhado por Marin, parte
para o Santuário à procura de Saori. O Santuário está em ruínas e com água por todos os lados.

    Shina aparece e diz que agora este é o Santuário de Artemis e manda Seiya ir embora pois ele não é mais um cavaleiro. Jabu de Unicórnio e Ichi de Hidra chegam e atacam Seiya. O cavaleiro de Pégaso tenta revidar mas percebe que não consegue queimar seu cosmo. Ele está sob o efeito de uma maldição imposta por Hades. Shina ataca Seiya violentamente e ele cai de um penhasco. Lá embaixo está a armadura de Pégaso, mas ela rejeita Seiya (provavelmente por causa da maldição).

    Saori chega na fonte da redenção onde começa a derramar seu sangue. Enquanto isso, Shun escala as montanhas que dão acesso ao Santuário e é atacado por Teseu. Shun é leva uma surra do cavaleiro celestial que tem a capacidade de voar. Ele atira Shun para o topo do penhasco e o desafia para a luta numa espécie de arena. No centro da arena podemos notar uma enorme estátua de pedra com os rostos dos cavaleiros de ouro. Shun é arremessado nesta estátua por Teseu e reconhece os rostos.

    Quando Teseu se preparava para atacar Shun novamente, Ikki surge. Teseu agora luta contra Ikki e Shun ao mesmo tempo, mas os dois cavaleiros de Atena não são páreos para o anjo celestial. Ao caírem sob a estátua de pedra, nota-se que os rostos petrificados dos cavaleiros de ouro estão derramando lágrimas de sangue. Ikki sente que eles estão incentivando a ele e Shun a continuarem lutando por Atena. Teseu percebe porque os deuses se preocupam tanto com meros cavaleiros de bronze. Shun ataca Teseu com sua corrente e logo em seguida dispara sua Tempestade Nebulosa. Teseu evita o golpe, mas por trás de Shun surge Ikki que com seu Ave Fênix (executado de maneira espetacular) derrota Teseu. Percebe-se a voz de Shion dizendo que o Cavaleiros de Ouro não erraram
em confiar Atena aos Cavaleiros de Bronze.

    Seiya, vestindo sua armadura, percebe a presença de Hyoga por perto. Ao chegar no local onde ele estava, se depara com Hyoga congelado por seu próprio golpe e Shiryu caído no chão. Os dois foram derrotados por Odisseu que tem a capacidade de reverter os golpes de seus adversários. Seiya ataca-o com seus Meteoros de Pégaso, mas Odisseu reverte o golpe e Seiya tem sua armadura completamente destruída. Seiya tenta mais duas vezes, mas os golpes são revertidos da mesma forma. Hyoga e Shiryu se levantam e atacam Odisseu. Os golpes retornam e os dois caem vencidos. Odisseus fala que a humanidade será destruída. Hyoga e Shiryu se levantam novamente e mandam Seiya ir embora. Neste ponto é mostrado Seiya partindo para se encontrar com Atena. Quando a cena volta à luta contra Odisseu, Hyoga e Shiryu estão caídos no chão e o cavaleiro celestial se pergunta como dois humanos puderam derrotá-lo. Sua Glória (armadura dos cavaleiros celestiais) e depois seu corpo, são estraçalhados (numa cena muito parecida com a do OVA 3 de Hades, quando Niobe de Deep é derrotado pelo Grande Chifre de Aldebaram).

    Seiya chega num local parecido com um deserto. Então Tohma de Ícaro chega e diz que sempre sonhou em lutar com Seiya, pois ele foi capaz de vencer vários deuses. Seiya tenta atingi-lo mas não consegue. Tohma atinge Seiya várias vezes e diz que com o cosmo naquele nível ele não é capaz de vencê-lo. Seiya ainda está sob o efeito da maldição imposta por Hades e não pode fazer nada. Marin surge e salva Seiya. Ela mostra o sino a Tohma, dizendo que é sua irmã. Mas Ícaro diz que rejeitou todos os sentimentos humanos ao se tornar um cavaleiro celestial. Seiya se levanta para enfrentá-lo novamente, mas recebe um golpe que o faz cair de outro penhasco. Marin vai embora do local.

    Touma começa a ter lembranças de seu passado e questiona-se se o que ele estava fazendo era certo. Artemis aparece e conversa com ele sobre o que ele estava sentindo. Ela diz que Tohma foi o único humano escolhido por ela para permanecer ao seu lado depois que a Terra fosse destruída.

    Seiya continua em busca de Saori e novamente se depara com Tohma de Ícaro. Tohma diz que que se vencer Seiya, o homem que venceu vários deuses, ele também poderá se tornar um deus. Os dois começam a lutar e Seiya acerta Tohma com seu meteoro. Tohma percebe que Seiya conseguiu elevar seu cosmo, mas por causa da maldição de Hades, Seiya sofre outra surra. Por fim, Tohma dispara um poderoso golpe que envia Seiya até a fonte da redenção, onde Saori estava. Seiya pede a Saori que ela pare de derramar seu sangue. Saori aceita e agradece a Seiya pela lealdade de sempre estar ao lado dela. De repente, Saori diz que irá matar Seiya.

    Artemis aparece e devolve o báculo para Saori e diz que ela deve matar Seiya para voltar a ser uma deusa. Saori aceita e Seiya diz que se tiver de morrer por Saori, ele o fará. Saori acerta o peito de Seiya com seu báculo e ele cai no chão. Ikki, Shun, Hyoga e Shiryu sentem que o cosmo de Seiya desapareceu. Saori carrega o corpo de Seiya para fora da fonte da redenção. Seiya então desperta. Artemis compreende que Saori não atingiu Seiya mortalmente, mas sim quebrou a maldição imposta por Hades. Saori finalmente compreende que não deve impedir os cavaleiros de lutar, pois eles lutam não apenas por ela, mas por toda humanidade.

    Artemis então diz a Saori que ela será punida. Tohma e Seiya, agora com seu verdadeiro cosmo de volta, iniciam um novo duelo. Artemis ameaça Saori com uma flecha. Saori diz que a diferença entre ela e Artemis é o coração humano que ela possui. O duelo entre Seiya e Tohma é equilibrado.

    Seiya queima seu cosmo ao máximo e dispara os Meteoros de Pégaso que derrotam o cavaleiro celestial. Quando Tohma estava prestes a cair num abismo, Marin surge e o salva. Tohma finalmente descobre o motivo de Seiya ser tão forte. Lutar por alguém a quem se ama é o que realmente dá forças a Seiya.

    Então Tohma se lembra que decidiu se tornar um cavaleiro celestial para ter forças para proteger sua irmã. Neste momento, Artemis diz a Saori que os deuses são eternos e que os sentimentos humanos não podem estar presentes em um deus. Ela dispara a flecha em direção a Saori, mas Tohma pula na frente. Ele não sabe exatamente porque fez isso. Seiya então dispara um golpe contra Artemis, mas o golpe é contido por uma força externa e o céu fica avermelhado.

    Neste momento surge Apolo, o deus do Sol. Rapidamente, Apolo segura o rosto de Saori com as duas mãos e quando ia disparar o golpe de misericórdia, Seiya o ataca. Apolo desvia facilmente e considera aquele ato uma blasfêmia. Saori diz para Seiya se conter, pois perto de Apolo, eles não são nada. Ele dá um poderoso golpe em Seiya, mas de maneira incrível, Seiya detém o golpe por um tempo. O golpe destrói as roupas dele e de Saori (os dois ficam nus). Seiya continua a queimar seu cosmo e agora Saori diz para os dois pararem pois ela teme pela segurança de Apolo. Ela diz que ela lutará com Apolo, mas Seiya interfere. Ele dá um poderoso pulo e avança sobre Apolo. Neste momento o filme acaba. É mostrada uma cena onde Saori se despede de Seiya. Ele estava indo em busca do que ele mais procura.

    Tocam-se os créditos finais. Quando acabam os créditos aparece Seiya com uma nova armadura (não é a armadura de Pégaso que conhecemos e nem a kamei) atacando Apolo. Esse ataque provoca um pequeno ferimento no rosto de Apolo e o filme acaba.