Na Grécia, um senhor japonês muito rico, chamado Mitsumasa Kido está em turismo quando lhe aparece um homem muito ferido carregando uma caixa dourada em suas costas e um bebê em seus braços. O homem é Aiolos, o cavaleiro de ouro de Sagitário, o bebê que está em seus braços é reencarnação da deusa Atena. Aiolos havia acabado de salvar a vida do bebê que estava para ser assassinado pelo próprio mestre do santuário. Em sua fuga, o Mestre conta uma mentira, dizendo a todos no Santuário que Aiolos era um traidor e havia tentado matar Atena. Então O cavaleiro de Ouro da casa de Capricórnio, Shura, tido como o cavaleiro mais fiel a Atena parte em seu encalço, onde travam uma luta. Nesta luta Aiolos sai gravemente ferido. Em seus últimos momentos, escondido atrás de pedras no santuário, Aiolos deixa tudo para o senhor Mitsumasa Kido explicando o que acontecera.

    Anos se passam, e a garotinha Atena foi criada em segurança. A ela foi dado o nome Saori, que já uma criança, é a futura herdeira da Fundação Kido de seu suposto avô (Mitsumasa). Nesta fundação estão 100 garotos órfãos que serão enviados para diversas partes do mundo com o objetivo de treinarem e se tornarem cavaleiros com a missão de proteger Atena. Seiya vai treinar na Grécia, Ikki vai para a Ilha da Rainha da Morte (no lugar de seu irmão mais novo), Shun que é irmão de Ikki vai para a Ilha de Andrômeda, Hyoga vai para a Sibéria, e Shiryu para os 5 picos antigos na China. Todos eles treinarão duramente para se tornarem cavaleiros.

    Cinco anos se passaram, Mitsumasa Kido acaba morrendo e Saori toma conta da Fundação Kido. Era desejo de seu avô que os mais fortes dos órfãos que se tornassem cavaleiros retornassem a fundação para participarem de um torneio.

    Começa a Guerra Galáctica, um torneio que daria ao cavaleiro vencedor a armadura de Ouro de Sagitário. Dos 100 garotos que foram enviados para treinar, apenas 10 voltaram com suas respectivas armaduras. A primeira luta é entre Jabu de Unicórnio e Ban de Leão Menor, onde Jabu sai vitorioso, em seguida Seiya de Pégaso vence Geki de Urso.

    O torneio começa a se desenrolar, Hyoga de Cisne é o penúltimo a chegar e logo vence Ichi de Hidra e mais tarde ocorre uma incrível batalha entre Seiya e Shiryu de Dragão. Esta batalha inclusive é interessante, pois ambos destroçam suas armaduras, tendo que lutar sem elas. Após Seiya descobrir um modo de vencer o escudo e o punho da armadura do Dragão, ambos arriscam tudo e Seiya deixa Shiryu inconsciente, parando seu coração. Então, acertando o mesmo golpe do lado contrário, ele revive o rival, e neste momento começa uma relação de amizade e respeito entre eles. Mas ambos vão parar no hospital.

    Tudo parece estar decorrendo muito bem, Shun está nas semifinais e Seiya irá enfrentar Hyoga porém, subitamente, Ikki de Fênix surge de dentro da caixa da armadura de ouro de Sagitário (prêmio do torneio), aparecem então, os cavaleiros negros, seguidores do cavaleiro de Fênix. Ikki então ataca seu irmão e os outros competidores, inclusive ferindo e derrotando Nachi de lobo com apenas um golpe.

    A armadura dourada é roubada e os cavaleiros de bronze então têm a missão de recuperá-la e derrotar Ikki e seus cavaleiros negros. Os cavaleiros se separam e cada um leva uma peça da armadura. Então na perseguição eles conseguem recuperar 4 das 9 partes da armadura. Após esta fuga, os cavaleiros se reúnem na mansão Kido e resolvem que devem ir atrás da armadura. Porém, com as duas armaduras de bronze destruídas, Shiryu se oferece para levá-las até Mu de Jamiel, um homem que tem a capacidade de consertar armaduras.

    Aqui começa a batalha contra os cavaleiros negros. Seiya tem a idéia de usar um cão policial para rastrear a armadura. Então enquanto Shun havia ido ver uma árvore nos arredores da mansão, onde seu irmão costumava treinar quando eram crianças. O cão segue para esta direção, e neste momento Shun, cavaleiro de Andrômeda, é atacado por uma neve negra, que vem do cavaleiro Negro de Cisne. Shun é salvo por Hyoga que trava uma pequena batalha contra o cavaleiro negro. A luta é interrompida por Seyia e o cachorro e também pelos outros 3 cavaleiros negros.

    Shiryu parte para Jamiel, mas antes passa nos cinco picos antigos para se aconselhar com seu mestre, ancião dos cinco picos, que sempre aguarda sentado na cachoeira do dragão. Lá ele recebe dicas de como agir para chegar até Jamiel. Então ele parte. Quando está chegando perto, ele descobre um lugar onde as almas dos Cavaleiros que fracassaram em chegar a Jamiel estavam descansando e sempre que passava um viajante, teria que lutar com eles. Então o Dragão os desafia e usa o ensinamento de seu mestre, de atacar e continuar seguindo em frente. Quando ele passa pelo teste, olha para trás e nota que passou por uma estreita ponte sobre um precipício. Ao chegar em Jamiel, ele é recebido por Kiki, que ele pensa ser Mu, e os dois têem uma briguinha. Mu aparece e diz a Shiryu que as armaduras estão mortas e que o único jeito de revivê-las é através do sangue do cavaleiro. Mas é muito sangue. Shiryu pensa em seus amigos e corta os pulsos, doando o sangue para Mu. Após doar mais da metade de seu sangue, o Dragão desmaia.

    Alguns dias depois eles recebem um desafio de Fênix para irem batalhar pelas peças da armadura de outro no deserto da morte. Ao chegarem lá, se separam e trocam guisos para serem identificados pelos outros. Neste momento chega Kiki, companheiro de Mu, trazendo a armadura de bronze de Pégaso para Seiya. Todos perguntam sobre Shiryu e ele conta o que aconteceu. Seiya segue para a batalha, encontrando o Pégaso negro, que consegue envenenar Seiya com seu golpe "meteoro negro", (que envenena o sangue do cavaleiro), antes de morrer.

    Seiya então, segue em frente, mas sentindo seu corpo queimar, tira toda armadura, desequilibra e cai no barranco. Shun passa pelo mesmo caminho e o encontra , porém quando manda sua corrente para puxá-lo, é atacado pelo Andrômeda Negro, que é derrotado pelo Shun mesmo com uma mão ocupada, segurando Seiya. Surge então o Dragão Negro que ataca Shun sem piedade, Shiryu aparece e compra a briga.

    Mesmo sem poder sangrar, pois perdeu muito sangue, eles lutam e Shiryu explica que luta pela amizade. Enquanto os dois se degladiam, Shun desce o penhasco atrás de Seiya. Shiryu começa a sangrar e então, num ato desesperado, aplica o Cólera do Dragão, mesmo lembrando que seu mestre o havia proibido de aplicá-lo sem estar com a saúde boa. Ao aplicar, o golpe, Shiryu vence, mas sabe que sangrará até morrer. Então o Dragão Negro percebe o que é amizade e salva Shiryu antes de morrer.

    Shun chega com Seiya e Shiryu detem o avanço do sangue negro, deixando ele sair. Neste meio tempo, Hyoga trava sua batalha com o Cisne Negro, a qual vence facilmente, porém o cisne antes de morrer, envia através do cisne de seu elmo, o golpe do Hyoga para o Ikki. O Cisne é o primeiro a chegar para enfrentar Ikki, mas é derrotado.

    Os demais caveleiros chegam para enfrentar Ikki, que tem seu golpe Fantasma de Fênix refletido contra ele mesmo por Hyoga. Então ele resiste e aplica o "Ave Fênix", mas a armadura de outro de Sagitário aparece na frente do Seyia, protegendo-o. Seyia ataca o cavaleiro de Fênix e destroça sua armadura, que alguns minutos depois se reconstrói sozinha. Seyia precisa de mais força. Então a união dos cosmos dos cavaleiros dão força suficiente para que Seiya ataque Ikki, que acaba percebendo que estava lutando do lado errado. Ikki é derrotado e a armadura de ouro é recuperada, mas logo em seguida ela é roubada novamente, desta vez por Dócrates e seus comparsas, a mando do mestre do Santuário.

    Dócrates rapta Saori, obrigando os cavaleiros a buscá-la, mas é derrotado por Hyoga e os cavaleiros de bronze que ficam apenas com o elmo da armadura de ouro, pois os soldados de Dócrates fugem com o resto. O mestre começa a enviar diversos assassinos para recuperá-la, como por exemplo, os cavaleiros fantasmas e o cavaleiro do fogo, todos estes falharam, então o mestre começa a enviar os cavaleiros de prata, uma divisão mais forte entre os defensores de Atena. Seiya tem sua primeira luta com estes inimigos. O primeiro é Misty de Lagarto. Descobre-se que Marin (mestra de Seiya na Grécia) pode ser a irmã do cavaleiro de Pégaso. Após algumas batalhas, outros cavaleiros de prata são derrotados, Ikki ressussita e se une ao grupo dos cavaleiros de bronze, ocorre então a revelação; Saori realmente é a reencarnação da Deusa Atena, eis o motivo do mestre do Santuário querer tanto sua morte.

    As coisas se complicam, os cavaleiros de prata são todos derrotados, então, o mestre resolve usar seu último recurso, os cavaleiros de ouro, os únicos guerreiros no planeta que controlam com plenitude o sétimo sentido e seus ataques são tão rápidos quanto a velocidade da luz. Milo de Escorpião é chamado, mas não se conforma em ir lutar contra cavaleiros de bronze, pois para ele, seria o mesmo que mandar um leão eliminar formigas. Aiolia de Leão aparece, o mestre o manda para o Japão no lugar de Milo, com a idéia de que ele tentaria se redimir pelo seu irmão, o suposto traidor do santuário, Aiolos de Sagitário.

    Ao chegar no Japão, Aiolia vai atrás de Seiya e tenta eliminá-lo, mas Shina de Cobra (rival de Marin e mestra de Cássios, o oponente que Seiya enfrentou para ganhar a armadura de Pégaso) aparece, e revela que ela tem que matar Seiya, pois este viu seu rosto que está sempre coberto pela máscara, e devido às leis do Santuário, uma amazona que teve seu rosto visto por um homem, deve amá-lo ou eliminá-lo. Aiolia parece não se importar e ataca Seiya com seu poderoso cosmo, nem a ajuda de Shun e de Hyoga foi o bastante para vencer o cavaleiro de ouro de Leão, mas, de repente, aparece a armadura de Sagitário que envolve o corpo de Seiya, a luta fica de igual para igual. Em seguida Saori aparece e revela toda a verdade sobre Aiolos, de que ele não era um traidor, e sim um herói!

    Aiolos na verdade salvou Atena quando ela era apenas um bebê, o mestre do Santuário tentou matá-la, mas como o cavaleiro de Sagitário o impediu, ele espalhou pelo Santuário que Aiolos era um traidor que tentou matar Atena. Emocionado, Aiolia retorna para o Santuário com a intenção de desmascarar o mestre, mas os cavaleiros de bronze parecem saber que não será o suficiente, e se preparam para ir ao Santuário.

   Aiolia entra na sala do mestre, conta-lhe o que sabe. O mestre fica sem alternativa e resolve matar Aiolia, mas a máscara do mestre acaba caindo e ele descobre quem o mestre é. Segundo ele, todos que virem seu rosto, tem que morrer. Ele recoloca a máscara e Shaka, o cavaleiro de ouro da casa de Virgem aparece para cuidar de Aiolia. Eles começam a lutar e mantêm um equilíbrio no combate, mas por trás, o mestre aplica seu golpe ''Satã Imperial'', um golpe que deixa o cavaleiro dominado à vontade do mestre e que só passa se ele cumprir a ordem. Como ele foi ordenado a matar o Seiya, voltou a casa de leão e esperou ele lá.

    Seiya, Shiryu, Shun, Hyoga e Saori chegam no Santuário, onde são recebidas por um suposto mensageiro do Mestre para conduzi-los. Porém aos pés das escadarias das doze casas, Atena é acertada por uma flecha no peito que não pode ser removida, pois o guia era na verdade o Cavaleiro de Flecha. O relógio sagrado é aceso e os cavaleiros têm 12 horas para vencerem todos os 12 cavaleiros de ouro e o mestre, para somente assim salvar Atena.

    Na primeira casa, o cavaleiro de Áries é Mu, o homem que antes consertou a armadura de Dragão e de Pégaso, seu ajudante Kiki observa que as armaduras dos 4 cavaleiros estão avariadas depois de tantas batalhas, e Mu pede 1 hora para consertar todas. A batalha das 12 casas se inicia, ocorrem lutas memoráveis e de muita emoção, Aiolia elimina Cássios, que se sacrificou por Shina. Ikki retorna para ajudar os outros cavaleiros, mas é derrotado ao enfrentar Shaka de Virgem.

    Descobre-se que o mestre do Santuário é, na verdade, o cavaleiro de Gêmeos, Shiryu morre enfrentando Shura de Capricórnio (que também morre na batalha), Hyoga derrota seu próprio mestre Camus de Aquários, mas morre em seguida, Shun também morre, enfrentando Afrodite de Peixes que esse que também é derrotado.

    Depois de lutar contra Aldebaran de Touro e Aiolia de Leão, Seiya vai até a sala do mestre do santuário, que veste a armadura de Gêmeos, e luta com tanta força que tira todos os sentidos de Seiya. Ikki é ressuscitado graças a Shaka e Mu, então corre para ajudar Seiya. O escudo de Atena é apontado para Saori finalmente, e ela se salva, mas a batalha na décima terceira casa ainda persiste.

    Atena vai subindo as 12 casas junto com os cavaleiros de ouro que enxergaram a verdade, no caminho ressuscita Shiryu, Shun e Hyoga. Todos se juntam na décima terceira casa para ajudar Seiya e Ikki que continuam lutando, mas sem nenhum sucesso. Todos os cavaleiros se juntam e unem seus cosmos, para finalmente derrotarem o mestre do Santuário, e fazer renascer a harmonia dentro daquelas ruínas antigas.

    Esta é a história que marca a primeira temporada de Saint Seiya na TV, algumas alterações ocorreram em relação ao mangá, como a inclusão de novos personagens, por exemplo, os cavaleiros fantasmas, os cavaleiros de aço, o cavaleiro de cristal entre outros, outra alteração importante é a alteração nas armaduras dos cavaleiros de bronze, para o anime foram criados novos designes inexistentes no mangá.